Każdorazowo o kwalifikacji pacjenta do leczenia w komorze hiperbarycznej decyduje lekarz Ośrodka. Decyzja podejmowana jest na podstawie oceny potencjalnych korzyści oraz ryzyka dla pacjenta.

Wdychanie czystego tlenu w warunkach nadciśnienia jest porównywalne z podawaniem innych, wysoko skutecznych leków. Tlen musi być dozowany bardzo dokładnie, a przyjmowanie ściśle nadzorowane. Przy przedawkowaniu, tak jak przy każdym innym leku, mogą wystąpić skutki uboczne. Powikłania terapii hiperbarycznej zdarzają się nadzwyczaj rzadko.

Przeciwwskazania do terapii w komorze hiperbarycznej:

1. Nieodbarczona odma opłucnowa ,
2. Leczenie przy użyciu Adriamycyny, Disulfiramu, Cis-platyny, Sulfamylonu.

Niektóre schorzenia mogą być przeciwwskazaniem względnym:

1. Zakażenia górnych dróg odechowych,
2. Ciąża,
3. Padaczka,
4. Rozedma płuc,
5. Stany gorączkowe,
6. Przebyte operacje ucha i klatki piersiowej,
7. Rozsiana choroba nowotworowa,